愁云密布的20世紀中葉，出身日本普通家庭的杉原千畝（唐澤壽明飾）憑借卓越的語言天賦和情報分析能力進入日本外務省，并被外派到偽滿洲國外交部工作。他在工作中出色彰顯了自身的實力，也被蘇聯方面判定為“不被歡迎之人”。在1939年，杉原千畝赴任立陶宛的大使館，隨時監視著歐洲大國的動向。未過多久，德國悍然向波蘭發動閃電襲擊，破壞力巨大且深遠的第二次世界大戰旋即拉開序幕。由于殘酷的種族清洗，成千上萬猶太人淪為難民。他們扶老攜幼，尋找一切可能而微茫的求生機會。最終他們涌向日本駐立陶宛大使館，乞求杉原千畝發放過境簽證逃亡。迫于和德國的同盟關系，日本方面拒絕難民的請求。站在國家利益和人性的交界處，杉原千畝做出了重大的決定……